1. Một doanh nghiệp không nêu tên:
Nguyên liệu nhập khẩu loại hình NKD, sau đó xuất khẩu thì thời hạn hoàn thuế là bao lâu, tính từ thời điểm nào?
Trả lời:
Theo quy định tại điểm 5.2.2 tại mục I Phần E thuộc Thông tư 113/2005/BTC quy định: “. Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá tiêu thụ trong nước sau đó tìm được thị trường xuất khẩu (thời gian tối đa cho phép là 2 năm kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan nguyên liệu, vật tư nhập khẩu) và đưa số nguyên liệu, vật tư này vào sản xuất hàng hoá xuất khẩu, đã thực xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài; Thủ tục hồ sơ xét hoàn thuế tương tự như trường hợp nêu tại điểm 5.2.1”.
Như vậy thời hạn được xét hoàn thuế cho nguyên liệu là 2 năm tính từ thời điểm đăng ký nguyên liệu đến thời điểm đăng ký tờ khai xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu. Doanh nghiệp nộp hồ sơ hoàn thuế trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai có sản phẩm thực xuất ra nước ngoài.

2. Công ty SANYO:
a. Thủ tục hiện nay quy định mỗi tờ khai nhập khẩu phải có 1 giấy nộp tiền thuế là rườm rà. Đề nghị nhiều tờ khai nộp chung trong 1 giấy nộp tiền.

Trả lời: Theo quy định tại điểm 4.1 thuộc Thông tư 80/2003/BTC quy định: “ Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước là chứng từ thu ngân sách nhà nước do Bộ Tài chính thống nhất tổ chức phát hành, quản lý (mẫu theo phụ lục số 01, 02, 03, 04 kèm theo);..  Số, ngày của tờ khai hải quan (đối với trường hợp cơ quan hải quan thông báo thu). Giấy nộp tiền được lập riêng cho từng tờ khai hải quan;”

Quy định thủ tục nêu trên mục đích tạo điều kiện thuận lợi trong công tác hoàn thuế theo từng tờ khai. Đề nghị doanh nghiệp thực hiện theo quy định trên.
b. Tờ khai nhập khẩu phải nộp thuế ngay thường làm Doanh nghiệp khó khăn và mặc dù Doanh nghiệp có cố gắng nộp thuế ngay nhưng thường xuyên phát sinh phạt chậm nộp.
Trả lời:
Theo quy định tại điểm 2.3.2, mục III phần C Thông tư 113/2005/BTC quy định:. Đối với các đối tượng chưa chấp hành tốt pháp luật về thuế ..Nếu không được tổ chức tín dụng hoặc tổ chức khác hoạt động theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng bảo lãnh về số tiền thuế phải nộp thì phải nộp xong thuế trước khi nhận hàng “.
Nếu hàng hóa thuộc diện nộp thuế ngay thì Doanh nghiệp phải chủ động chuẩn bị tiền để nộp thuế trước khi nhận hàng (hàng miễn kiểm tra nộp trước khi lấy Tờ khai để chuyển cửa khẩu, hàng phải kiểm tra thì nộp trước khi kiểm hóa). Trường hợp doanh nghiệp nộp sau ngày đăng ký tờ khai nhưng trước khi nhận hàng  thì không bị tính phạt chậm nộp.
c. Theo Giấy phép đầu tư Công ty được sản xuất kinh doanh mặt hàng tủ lạnh, vậy Công ty muốn nhập linh kiện sản xuất các mặt hàng cùng củng loại như tủ đông, quầy hàng đông lạnh được không?
Trả lời: Công ty phải thực hiện theo đúng Gíây phép đầu tư đã được cấp và chỉ được nhập khẩu linh kiện sản xuất tủ lạnh. Nếu Công ty muốn sản xuất các mặt hàng tủ đông, quầy đông lạnh thì đề nghị liên hệ với Cơ quan đủ chức năng cấp phép theo quy định hiện hành.
d. Hàng hóa nhập khẩu loại hình PMD nhưng qua kiểm tra thực tế hàng không có C/O, bao bì không ghi xuất xứ thì xác định xuất xứ thế nào?
Trả lời: Trường hợp này nếu không xác định được xuất xứ hàng hóa thì phái áp theo thuế suất thông thường.

3.Một doanh nghiệp không nêu tên:
Doanh nghiệp trong KCN nhập khẩu từ Doanh nghiệp trong KCX, Doanh nghiệp nào mở tờ khai trước? Doanh  nghiệp trong KCN nhập khẩu hàng theo chỉ định của phía nước ngoài từ Doanh nghiệp trong nước và không phải thanh toán. Doanh nghiệp phải mở tờ khai loại hình nào?
Trả lời: Doanh nghiệp nhập khẩu mở tờ khai nhập khẩu trước, sau đó Doanh nghiệp trong KCX sẽ mở tờ khai xuất khẩu. Trường hợp nhập khẩu hàng theo chỉ định của phía nước ngoài từ Doanh nghiệp trong nước, nếu đáp ứng đủ điều kiện quy định tại Quyết định 928/QĐ-TCHQ thì mở loại hình nhập khẩu tại chỗ hoặc theo loại hình khác. Trường hợp không phải thanh toán sẽ không được xem là hoạt động XNK.

4.Một doanh nghiệp không nêu tên:
Doanh nghiệp nhập khẩu máy móc tạo tài sản cố định nhưng phía nước ngoài tháo rời và gửi làm nhiều lần. Doanh nghiệp làm thủ tục như thế nào?
Trả lời: Doanh nghiệp mở tờ khai nhập khẩu và khai báo từng phần của 01 bộ máy móc cho mỗi lần nhập khẩu (phải khai chi tiết các bộ phận đã tháo rời). Đồng thời doanh nghiệp có công văn cam kết và cung cấp tài liệu kỹ thuật hoặc chứng thư giám định để chứng minh tính đồng bộ của 01 bộ máy móc sau khi nhập khẩu hoàn tất .

5. Công ty MAINETTI:
Doanh nghiệp bán hàng cho nước ngoài và trích tiền hoa hồng cho người mua hàng, trên chứng từ thanh toán có thể hiện trừ tiền hoa hồng. Chứng từ này đưa vào thanh lý được không?
Trả lời: Nếu trên hợp đồng xuất khẩu có thể hiện phí hoa hồng thì chứng từ này được chấp nhận đưa vào thanh lý.

6.Một doanh nghiệp không nêu tên:
Công ty xuất hàng đi Châu Âu, khi hàng đến phía Nước ngoài mới chấp nhận bộ chứng từ và thanh toán qua Ngân hàng. Thời gian từ khai xuất khẩu đến khi nhận được chứng từ thanh toán có thể quá 60 ngày. Trên HĐ xuất khẩu không thỏa thuận cụ thể về thời hạn thanh toán. Do đó, Công ty thường xuyên bị phạt trễ hạn thanh lý. Đề nghị cho nợ chứng từ thanh toán được không?
Trả lời: Theo hướng dẫn tại điểm 1 mục IV Phần E Thông tư 113/2005/BTC quy định về thời hạn nộp hồ sơ: “Chậm nhất trong thời hạn 60 (sáu mươi) ngày kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan hàng hóa thực xuất khẩu, thực nhập khẩu, các đối tượng thuộc diện được xét hoàn lại thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải hoàn thành hồ sơ theo quy định gửi cơ quan Nhà nước có thẩm quyền để xem xét giải quyết hoàn lại thuế theo quy định. Nếu quá thời hạn 60 ngày nêu trên mà đối tượng thuộc diện được xét hoàn lại thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu chưa hoàn thành hồ sơ theo quy định gửi cơ quan có thẩm quyền thì bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
Trường hợp thời hạn thanh toán quy định tại hợp đồng xuất khẩu dài hơn 60 ngày kể từ ngày thực xuất khẩu hàng hoá thì doanh nghiệp phải có bản cam kết xuất trình chứng từ thanh toán trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày hết thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng”.
Trường hợp của Công ty nếu thanh toán bằng phương thức trả chậm thì phải quy định cụ thể trong hợp đồng xuất khẩu đồng thời Công ty phải có công văn giải trình và cam kết thời hạn bổ sung chứng từ thanh toán (không quá 15 ngày sau khi nhận được chứng từ thanh toán) thì cơ quan HQ sẽ cho nợ chứng từ thanh toán trong bộ hồ sơ thanh lý.