Hải quan Việt Nam luôn tăng cường hợp tác, trao đổi, thông tin với cộng đồng doanh nghiệp, phấn đấu trở thành đối tác tin cậy của cộng đồng doanh nghiệp, nhằm mục đích đạt được quy trình thông quan đơn giản, thuận lợi, đúng pháp luật"

CHỦ TRƯƠNG, ĐỊNH HƯỚNG
Chính phủ, Bộ Tài chính đã chỉ đạo, định hướng thực hiện thủ tục hải quan điện tử với các nội dung như sau:
* Đẩy mạnh cải cách hành chính, hiện đại hóa ngành Hải quan, phấn đấu đến năm 2010 giảm thời gian kiểm tra thực tế, thông quan hàng hóa xuống ít nhất bằng 1,5 lần so với các nước tiên tiến trong khu vực, đến năm 2011 bằng với mức trung bình 4 nước tiên tiến trong khu vực (Indonesia, Thái Lan, Malaysia và Philippine)
* Từng bước cải cách hoạt động nghiệp vụ hải quan theo hướng phù hợp với chuẩn mực của hải quan hiện đại trong khu vực và thế giới; chuyển đổi từ thủ tục hải quan thủ công sang thủ tục hải quan điện tử.
* Trong giai đoạn 2009 - 2011, thủ tục hải quan điện tử sẽ được thực hiện tại Cục Hải quan TP. Hải Phòng, TP. Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bình Dương, TP. Hà Nội, TP. Đà Nẵng, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bà Rịa - Vũng Tàu và Quảng Ngãi và Cục Hải quan các tỉnh, thành phố khác nếu có đủ điều kiện.

LỢI ÍCH ĐỐI VỚI DOANH NGHIỆP
Thực hiện thủ tục hải quan điện tử, doanh nghiệp còn được hưởng thêm nhiều lợi ích so với thủ tục hải quan truyền thống đó là:
1- Doanh nghiệp không phải đến trụ sở của cơ quan Hải quan mà có thể khai hải quan tại bất cứ địa điểm nào có máy tính kết nối mạng internet và được thông quan ngay đối với lô hàng thuộc diện được miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa.
2- Doanh nghiệp được sử dụng tờ khai điện tử in từ hệ thống của doanh nghiệp, có chữ ký và đóng dấu của doanh nghiệp thay cho tờ khai giấy và các chứng từ kèm theo để đi nhận hàng và làm chứng từ vận chuyển hàng hóa trên đường (nếu lô hàng thuộc diện được miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa)
3- Doanh nghiệp có thể khai báo hải quan bất kỳ lúc nào thay cho việc chỉ có thể khai trong giờ hành chính như trước đây và được cơ quan hải quan tiếp nhận khai báo trong giờ hành chính.
4- Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử sẽ được quyền ưu tiên thứ tự kiểm tra đối với các lô hàng phải kiểm tra chi tiết hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa.
5- Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử sẽ được cơ quan hải quan cung cấp thông tin về quá trình xử lý hồ sơ hải quan điện tử thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
6- Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử sẽ được cơ quan hải quan hỗ trợ đào tạo, cung cấp phần mềm khai báo hải quan điện tử và tư vấn trực tiếp miễn phí.
7- Doanh nghiệp được lựa chọn hình thức nộp lệ phí (theo tháng hoặc theo từng tờ khai) thay vì chỉ có thể nộp theo từng tờ khai như thủ tục hải quan truyền thống.
8- Hồ sơ thanh khoản hợp đồng gia công và nhập nguyên liệu sản xuất xuất khẩu đơn giản hơn, thay vì phải nộp hoặc xuất trình tờ khai, báo cáo thanh khoản và chứng từ bằng giấy thì doanh nghiệp được sử dụng hồ sơ điện tử để thanh khoản.
9- Thực hiện thủ tục hải quan điện tử giúp thông tin giữa hệ thống của hải quan và doanh nghiệp được quản lý đồng bộ trên máy tính, tạo điều kiện thuận lợi cho việc tra cứu, tìm kiếm thông tin.
10- Doanh nghiệp có thể đăng ký thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại bất kỳ Chi cục Hải quan điện tử nào và được chấp nhận làm thủ tục hải quan điện tử ở các Chi cục khác thay vì việc phải làm đăng ký tại từng Chi cục hải quan điện tử như trước đây.

11- Thực hiện thủ tục hải quan điện tử giúp doanh nghiệp giảm thời gian, chi phí làm thủ tục hải quan do doanh nghiệp có thể chủ động trong quá trình khai báo hải quan và sắp xếp thời gian đi nhận hàng và xuất hàng.
12- Nếu doanh nghiệp là doanh nghiệp chế xuất ưu tiên, còn được hưởng những lợi ích sau:
- Được khai hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài và xuất khẩu ra nước ngoài trên tờ khai điện tử rút gọn theo mẫu "Tờ khai điện tử rút gọn/ tờ khai điện tử theo tháng"
- Được ưu tiên đăng ký định mức nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm xuất khẩu đối với các nguyên liệu quản lý theo định mức.
- Được cơ quan hải quan thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tiếp nhận đăng ký, kiểm tra hải quan và chấp nhận ngay trên cơ sở tờ khai điện tử đơn giản, tờ khai tháng, định mức nguyên liệu, vật tư đăng ký.
- Được ưu tiên kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa tại trụ sở của doanh nghiệp hoặc tại địa điểm khác do doanh nghiệp đăng ký và được cơ quan hải quan chấp nhận.
- Được sử dụng Lệnh thông quan in ra từ hệ thống khai hải quan điện tử theo Mẫu phiếu giải phóng hàng hóa đã đăng ký với cơ quan hải quan (không cần đóng dấu, chữ ký của đại diện doanh nghiệp) đối với những lô hàng đã được cơ quan chấp nhận thông quan.
- Được sử dụng hóa đơn in ra từ hệ thống, đóng dấu, ký tên của đại diện doanh nghiệp để thông quan hàng hóa trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố, tạm dừng hoạt động.

CÁC BƯỚC THỰC HIỆN
Bước 1: Doanh nghiệp thực hiện khai tờ khai hải quan điện tử, tờ khai trị giá (nếu cần) theo đúng tiêu chí và khuôn dạng chuẩn và gửi tới hệ thống của cơ quan hải quan.
Bước 2: Doanh nghiệp nhận thông tin phản hồi từ cơ quan hải quan về số tờ khai hải quan, kết quả phân luồng và thực hiện một trong các nội dung sau:
+ Luồng Xanh: Miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Lô hàng được cơ quan hải quan chấp nhận thông quan thì chuyển sang bước 4.
+ Luồng vàng: Kiểm tra hồ sơ hải quan. Nếu được yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ hải quan thì doanh nghiệp thực hiện theo yêu cầu và xuất trình hồ sơ giấy để cơ quan hải quan kiểm tra. Nếu lô hàng được chấp nhận thông quan thì thực hiện tiếp bước 4, nếu cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa thì chuyển sang bước 3.

Bước 3: - Luồng đỏ: Doanh nghiệp xuất trình hồ sơ giấy và hàng hóa để cơ quan hải quan kiểm tra.
Bước 4: Doanh nghiệp in tờ khai trên hệ thống của mình để đi lấy hàng.

ĐĂNG KÝ THAM GIA
* Thủ tục đăng ký:
- Doanh nghiệp thực hiện đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử theo mẫu  "Đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử" (có sẵn trên website www.customs.gov.vn ) và nộp bản đăng ký cho bất kỳ Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
- Doanh nghiệp cũng có thể ủy quyền cho Đại lý làm thủ tục hải quan điện tử thực hiện việc đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử.

Trong thời gian 08 giờ làm việc kể từ khi nhận bản đăng ký hợp lệ, Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử thông báo chấp nhận hoặc từ chối có nêu rõ lý do. Việc gửi thông tin về tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan cho doanh nghiệp được thực hiện theo quy trình bảo mật.
- Doanh nghiệp có trách nhiệm bảo mật tài khoản để sử dụng khi giao dịch với cơ quan hải quan thông qua hệ thống khai hải quan điện tử hoặc Hệ thống khai hải quan điện tử dự phòng.
- Tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có giá trị để giao dịch, làm thủ tục hải quan với tất cả các Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
* Yếu tố cần thiết
- Trang bị máy tính kết nối internet, sử dụng phần mềm khai báo hải quan điện tử do cơ quan hải quan cung cấp miễn phí hoặc phần mềm do doanh nghiệp mua, hoặc tự xây dựng để đáp ứng yêu cầu khai báo hải quan điện tử.
- Chuẩn bị đội ngũ cán bộ có trình độ tin học cơ bản và am hiểu về thủ tục hải quan.

LOẠI HÌNH ĐANG ÁP DỤNG CHO HẢI QUAN ĐIỆN TỬ
1. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình mua bán hàng hóa.
2. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài hoặc đặt gia công tại nước ngoài.
3. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu.
4. Hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp ưu tiên.
5. Hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan.
6. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện dự án đầu tư.
7. Hàng hóa kinh doanh theo phương thức tạm nhập tái xuất
8. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ
9. Hàng hóa đã xuất khẩu nhưng bị trả lại
10. Hàng hóa đã nhập khẩu nhưng phải xuất trả.
11. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu